不過，雖然目前代理記賬日益受到企業追捧和青睞，但在這一行業，仍然存在部分問題和掣肘因素，從而影響了代理記賬地進一步前行。具體來說，其主要表現在以下幾個方面：

《會計法》對于代理記賬的宣傳力度不夠，從而造成許多小型經濟組織，特別是廣大的個體工商戶，對于“代理記賬”知之甚少，甚至認識不足，理解不夠。

推行“代理記賬”的措施不是很得力。當前對于應當委托代理記賬的小型經濟組織和應當建賬的個體工商戶而言，其主要存在兩方面問題：一是應當建賬而不建賬的現象十分普遍，二是許多“受托代理記賬的人”不具備合法資格。這不僅干擾了法律的嚴肅性，而且也容易派生出許多其他問題。所以，國家和社會層面還應加大推廣力度，讓此類經濟組織知曉代理記賬的必要性。

代理記賬的法律地位。在代理記賬法律關系中，受托人的法律地位問題，應該說一直沒有得到徹底的解決，因此在具體實踐中存在很大的爭議。代理記賬機構潛力未充分發揮。如今，雖然代理記賬機構的數量在不斷增加，但整體規模普遍較小，且代理業務范圍不寬。因此，能夠真正為委托單位提供專業會計核算、稅收籌劃、納稅申報、內部審計、工商年檢、財稅咨詢等全方位會計服務的代理機構少之又少。

代理記賬機構設立不規范。根據國家相關政策要求，代理記賬機構必須有3名以上持有會計從業資格證書的專職從業人員，且主管代理記賬業務的負責人必須具有會計師以上專業技術職稱資格。但實際執行中，相當部分的代理記賬機構不符合此規定。

代理記賬機構內部管理混亂。這即是說，在現實生活中的很多代理記賬機構內部，業務操作不規范、內部管理制度不健全等現象十分普遍，因而嚴重影響了代理記賬公司的服務質量和業務水平。

代理記賬機構執業質量不樂觀。當前，代理記賬公司在會計核算方面尚存在許多不規范之處，一些會計核算未能以權責發生制為基礎，對所代理公司未按《公司法》計提法定公積金、法定公益金的現象也較普遍，而且很多代理記賬機構均未按制度規定的要求提供會計報表附注的內容等。

代理記賬業務收費標準混亂。在收費標準上，各家代理記賬機構懸殊較大，有些代理記賬機構甚至通過低價進行惡意競爭，還有部分代理記賬機構自身的經營收入核算不規范，隱匿收入現象也較普遍。

以上為代理記賬行業存在的問題以及影響代理記賬行業發展的相關因素說明。可以說，唯有國家、社會和代理記賬機構自身對上述存在的問題進行妥善處理和解決，代理記賬才能夠實現更進一步地深入發展。而這，還需要社會各方的積極參與和努力!